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迄今中止，MFCs的功能远低于抱负状况。制约MFCs功能的要素包括动力学因素、内阻要素和传递要素等。动力学制约的首要体现为活化电势较高，致使在阳极或许阴极上的表面反应速率较低，难以获得较高的输出功率。内电阻具有前进电池的输出功率的作用，首要取决于电极间电解液的阻力和质子交流膜的阻力。缩短电极间隔、添加离子浓度均可降低内阻。不必质子交流膜也可以大大降低MFCs的内阻，这时得到的大功率密度有质子交流膜的5倍，但有必要留心氧气涣散的疑问。另一个重要制约要素为电子传递进程中的反应物到微生物活性位间的传质阻力和阴极区电子究竟受体的涣散速率。
究竟电子受体选用铁氰酸盐或阴极介体运用铁氰化物均可以获得更大的输出功率和电流。另外，微生物对底物的亲和力、微生物的大生长率、生物量负荷、反应器搅拌情况、操作温度和酸碱度均对微生物燃料电池内的物质传递有影响。
其时关于微生物燃料电池首要研讨其产电功能，一起因为其特别的规划与原理，MFCs还有许多潜在使用领域，首要包括废水处置、电助产氢、传感器三方面。废水处置这些年，微生物燃料电池被测验用来处置富含生物可降解有机物的废水，在废水降解的一起产电。
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